L'agent comptable est responsable de la comptabilité de l'établissement. À ce titre, il est chargé d'un certain nombre de tâches : encaissement des droits et recettes perçus par l'établissement ; paiement des dépenses sur ordre de l'ordonnateur (le chef d'établissement) ; élaboration du compte financier ; garde, maniement et conservation des fonds et valeurs (comptes courants, trésorerie,...) ; tenue de la comptabilité générale,... Il est également habilité et tenu de contrôler les opérations comptables de l'établissement : autorisations de percevoir, mises en recouvrement, disponibilité des crédits, imputation des dépenses,... Il peut par conséquent suspendre un paiement ordonné par le chef d'établissement, s'il estime l'acte irrégulier.